根据《外国公司船舶运输收入征税办法》(财税字[1996]087号)(以下简称《征税办法》)的规定，外国公司以船舶运输旅客、货物或者邮件出境的，其运输收入和所得应在中国征税。取得运输收入的承运人是纳税人。真实方派遣定期租船时，外国公司为纳税人；对于
租船，纳税人是来自东方的外国；中国出租外国船舶，以租赁方式转租给外国公司的，外国公司为纳税人；外国公司租用的中国籍船舶，纳税人为外国公司，其他外国国籍的船舶，纳税人为其船务公司。缴纳营业税为总收入的3%，企业所得税为总收入的1.65%。
为进一步加强和完善外国公司航运收入税收管理和国际航运业对外支付管理，国家税务总局和外汇局于2001年12月4日发布了《关于加强外国公司航运收入税收管理和国际航运业对外支付管理的通知》(国税发〔2001〕139号)(以下简称《通知》)。本通知自2002年5月
1日起执行。
(通知)规定，直接或间接向赚取船舶运输收入的外国公司支付运费的单位或个人，是外国公司应纳税款的扣缴义务人，包括外商独资船务公司、国家船务代理机构、国际货运代理以及其他支付国际船舶运输运费的单位或个人。扣缴义务人每次在境外支付运费前，以
境外支付的运费总额为应纳税所得额总额，按照规定的纳税数列，直接从纳税人的运费总额中扣缴应纳税额。同时，扣缴义务人应向当地主管国家税务局报送《外国公司船舶所得代扣代缴所得税报告表》，并向当地税务局报送《外国公司船舶所得代扣代缴营业税报告表
》。
根据中国与其他国家签订的避免双重征税、相互免除航运企业国际运输收入的协议、航运协议及英国与其他国家的相关协议或换文，外国公司如能享受减免税，应向当地主管国家税务局申报(外国公司航运收入企业所得税免税证明)，向当地主管地方税务局申报(外国公司航运收入营业税免税证明)，并提供其他相关证明文件。不申请增免税或者不提供相关证明文件的，不享受免税待遇。外国公司未及时提交免税证明的，应按规定纳税，取得免税证明后再申请退税。
扣缴义务人在向国际贸易出口项下的外国公司支付运费时，应当向外汇指定银行提交完税证明或者免税证明。如不能按要求提供完税证明或免税证明，则不允许付汇。根据《税收与牧业征收管理法》规定，扣缴义务人应扣完最后一笔而未征税的，税务机关应向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处以已征税款的50%至3倍的罚款。
无船承运人税务管理。
根据《国际美韵条例》及相关规定，在中国境内从事NVOCC业务的中国企业法人和境外国际航运公司应向交通部提出申请，并提交相关申请材料，取得《NVOCC经营资格注册证书》。《国家税务总局关于国际船舶运输NVOCC业务使用发票有关问题的通知》(国税函〔2002〕404号)规定，在中国注册并依法取得交通部注册证书(NVOCC经营资格)的企业，可以向税务机关申请办理国际船舶运输行业专用发票的采购和使用。
一时间，NVOCC业务收入是按运输业营业税(3%)还是服务业营业税(5%)缴纳，成为争论的焦点。
认为应按运输业税目纳税的，认为从事NVOCC业务的企业接受托运人贷款为承运人，自行签发提单或运输证，向托运人收取运费，承担承运人责任，从事运输经营活动。因此，按照交通运输业的税目纳税。
认为应按服务税项目纳税的人认为，运输是指利用运输工具或人力、畜力将货物或旅客运送到目的地，使其空间位置得以转移的经营活动。虽然NVOCC在NVOCC业务中充当承运人，但它不从事税法规定的运输业务活动。NVOCC在其商业活动中只以自己的名义而不是以承运人的名义签发提单。尽管其收入被称为运费，但其实际收入仍然是从提供运输业务的组织活动中获得的服务费收入，无论这种放牧是代理服务费收入还是其他服务费收入。因此，NVOCC业务仍应按服务税项目征税。
随着货运代理规模和实力的不断壮大，其业务范围也在不断扩大。一些货运代理除了贷款和船舶代理业务之外，还从事运输、仓储等业务活动。虽然所有这些经营活动都要缴纳营业税，但它们属于不同的营业税项目，税率不同。根据税法规定，纳税人有不同税目应税行为的，应当分别计算不同税目的营业额；营业额未单独核算的，税率较高。所以；货运代理应单独计算各种业务活动的收入，以避免因会计处理不当而导致多缴税款。
另外，如果货运代理人从事物业租赁、货物运输、仓储或其他经营活动，应注意印花税。机动车、机械设备、船舶等的租赁。，应按物业租赁合同金额的千分之一缴纳印花税。从事货物运输的，应当按货物运输合同价值的万分之五缴纳印花税。从事仓储业务的，应
按仓储保管合同的1/2缴纳印花税。不开合同，只开单据，或者合同不规范的，按实际计算金额缴纳印花税。
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